La CNLS tire son origine de la PNLS (Programme Nationale de Lutte contre le SIDA) qui fut l’organisation nationale de lutte contre l’épidémie du VIH/SIDA de 1987 à 2000 au Rwanda.
C’est en 2000, sur décision du Gouvernement que la PNLS a été restructurée. Ses responsabilités ont été attribuées à deux nouvelles organisations à savoir la CNLS et le TRAC (Treatment and Research AIDS Center). Ces deux organisations issues de la restructuration de la PNLS fonctionnent sous la tutelle du Ministère de la Santé.
La CNLS a été instituée par le conseil des Ministres en date du 24 novembre 2000 .Elle a été créée par l’arrêté présidentiel N° 02/01 du 16/03/2001.